El Comité Rector podrá auxiliarse de las instancias de trabajo que establezca para el cumplimiento del objeto del SNF. En este sentido, se podrán establecer: (1) grupos de trabajo y (2) grupos de tarea, con el propósito de atender las disposiciones, acciones y tareas estipuladas en la normativa que rige al SNF.
Los grupos de trabajo son las instancias determinadas por el Comité Rector para atender temas de interés notable y reiterado para los miembros del SNF, sin una duración definida, pues su existencia es revisada por el Comité Rector. Cada grupo de trabajo está encabezado, de manera dual, por la Auditoría Superior de la Federación y la Secretaría de la Función Pública, incluye tres miembros elegidos entre las entidades de fiscalización superiores locales y tres miembros elegidos entre las secretarías o instancias homólogas encargadas del control interno en las entidades federativas. Los miembros fueron definidos por consenso de la propia Secretaría de la Función Pública y la Auditoría Superior de la Federación, y son nombrados por dos años con posibilidades de repetir el periodo en su encargo.
Los grupos de tarea serán las instancias determinadas por el Comité Rector para atender tareas específicas de interés significativo para los integrantes del SNF.