El artículo 39 de la Ley General del Sistema Nacional Anticorrupción estipula que el SNF contará con un Comité Rector conformado por la Auditoría Superior de la Federación, la Secretaría de la Función Pública y siete miembros rotatorios de entre las instituciones referidas que serán elegidos por periodos de dos años, por consenso de la propia Secretaría de la Función Pública y la Auditoría Superior de la Federación, y que el Comité Rector será presidido de manera dual por el Auditor Superior de la Federación y el titular de la Secretaría de la Función Pública, o por los representantes que, de manera respectiva, designen para estos efectos.
Para el periodo 2021-2023 las entidades que integran el Comité Rector son las que se visualizan en el cuadro siguiente:
Comité Rector del SNF
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ASOFIS
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CPCE-F
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Auditoría Superior de la Federación
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Secretaría de la Función Pública
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Órgano Superior de Auditoría y Fiscalización Gubernamental de Colima
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Secretaría de la Función y Rendición de Cuentas del Estado de Coahuila
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Auditoría Superior del Estado de Jalisco
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Secretaría de la Contraloría General de la Ciudad de México
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Auditoría Superior del Estado de Sinaloa
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Secretaría de la Transparencia y Rendición de Cuentas del Estado de Guanajuato
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Secretaría de la Contraloría General del Estado de Yucatán
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