El artículo 39 de la Ley General del Sistema Nacional Anticorrupción estipula que el SNF contará con un Comité Rector conformado por la Auditoría Superior de la Federación (ASF), la Secretaría Anticorrupción y Buen Gobierno (SABG, antes Secretaría de la Función Pública) y siete miembros rotatorios de entre las instituciones referidas que serán elegidos por periodos de dos años, por consenso de la propia SABG y la ASF, y que el Comité Rector será presidido de manera dual por el Auditor Superior de la Federación y la titular de la Secretaría Anticorrupción y Buen Gobierno, o por los representantes que, de manera respectiva, designen para estos efectos.

Para el periodo 2025-2027, las entidades que integran el Comité Rector son las que se visualizan en el cuadro siguiente:

De conformidad con el artículo 40 de la Ley General del Sistema Nacional Anticorrupción, y para el ejercicio de las competencias del SNF en materia de fiscalización y control de los recursos públicos, el Comité Rector ejecutará las siguientes acciones:

1. El diseño, aprobación y promoción de políticas integrales en la materia;
2. La instrumentación de mecanismos de coordinación entre todos los integrantes del Sistema, y
3. La integración e instrumentación de mecanismos de suministro, intercambio, sistematización y actualización de la información que en materia de fiscalización y control de recursos públicos generen las instituciones competentes en dichas materias.