El artículo 39 de la Ley General del Sistema Nacional Anticorrupción estipula que el SNF contará con un Comité Rector conformado por la Auditoría Superior de la Federación, la Secretaría de la Función Pública y siete miembros rotatorios de entre las instituciones referidas que serán elegidos por periodos de dos años, por consenso de la propia Secretaría de la Función Pública y la Auditoría Superior de la Federación, y que el Comité Rector será presidido de manera dual por el Auditor Superior de la Federación y el titular de la Secretaría de la Función Pública, o por los representantes que, de manera respectiva, designen para estos efectos.
Para el periodo 2023-2025 las entidades que integran el Comité Rector son las que se visualizan en el cuadro siguiente:
Comité Rector del SNF
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ASOFIS
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CPCE-F
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Auditoría Superior de la Federación
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Secretaría de la Función Pública
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Órgano Superior de Auditoría y Fiscalización Gubernamental de Colima
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Contraloría General del Estado
de Baja California Sur
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Auditoría Superior del Estado de Hidalgo
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Secretaría de la Contraloría del Estado de Campeche
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Auditoría Superior del Estado de Jalisco
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Secretaría de la Contraloría General del Estado de Sonora
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Auditoría Superior del Estado de Sinaloa
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