El artículo 39 de la Ley General del Sistema Nacional Anticorrupción estipula que el SNF contará con un Comité Rector conformado por la Auditoría Superior de la Federación, la Secretaría de la Función Pública y siete miembros rotatorios de entre las instituciones referidas que serán elegidos por periodos de dos años, por consenso de la propia Secretaría de la Función Pública y la Auditoría Superior de la Federación, y que el Comité Rector será presidido de manera dual por el Auditor Superior de la Federación y el titular de la Secretaría de la Función Pública, o por los representantes que de manera respectiva designen para estos efectos.
Para el periodo 2019-2021 las entidades que integran el Comité Rector son las que se visualizan en el cuadro siguiente:
Comité Rector del SNF
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ASOFIS
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CPCE-F
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Auditoría Superior de la Federación
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Secretaría de la Función Pública
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Auditoría Superior del Estado de Campeche
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Secretaría de la Honestidad y la Función Pública de Chiapas
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Auditoría Superior del Estado de Guerrero
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Secretaría de la Contraloría y Transparencia Gubernamental del Estado de Oaxaca
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Auditoría Superior del Estado de Sinaloa
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Secretaría de la Función Pública del Estado de Zacatecas
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Órgano de Fiscalización Superior del Estado de Tlaxcala
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